献体する際、遺体はお亡くなりになった場所から登録した大学の医学部・歯学部の解剖学教室に時間をおかず運び込まれ、一定期間保管されます。 ただし希望によっては、通常の葬儀を行いその後に献体することもできます（火葬はもちろんできません）。
通常、献体から1～3年後に解剖実習が行われ、解剖実習されたご遺体は火葬費用を大学が負担のうえ荼毘に付されます。 その時火葬場には遺族が呼ばれますが、火葬前のお見送りをする際、遺族は柩の中の遺体を見ることはできません。骨上げした遺骨は、原則として遺族が引き取らねばなりません。 身寄りがいない人や、生前に親しくしていた人も一人もいないという場合に限り、大学側が学内の納骨堂で合祀してくれますが、すべての医学部・歯学部が遺骨の面倒までをみることはありません。 要するに、献体したとしてもそこですべてが終わりになるわけではないこと。したがって骨の始末をお願いせねばならないのですから、家族や親戚とは文字通り死ぬまで仲良くしておかねばならならないということです。
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